Meilleur logiciel de facturation & compta : comparatif 2025 !

Aujourd’hui, avoir un bon logiciel de facturation est une nécessité absolue, et ceci pour deux raisons. La première raison c’est qu’un bon logiciel de comptabilité vous fera gagner un temps précieux et vous permettra, au passage, de réaliser des économies substantielles. La seconde raison, c’est que la réforme de la facture électronique vous l’impose progressivement (en septembre 2027, plus aucune entreprise ne pourra y échapper).

La question n’est donc pas de savoir s’il vous faut un logiciel de comptabilité. La question est de savoir lequel choisir. En effet, l’offre est abondante et il est souvent difficile de s’y retrouver.

C’est pourquoi, dans cet article, je vous propose ma sélection des meilleures solutions, en fonction de votre profil. Les solutions que je mets en avant sont celles que j’aurais sélectionnées si j’avais un profil similaire au vôtre. Mes dix années en commissariat aux comptes et dans diverses directions financières me permettent de vous donner des conseils avisés dans cet article ⤵️.

Meilleurs logiciels de facturation : ma méthodologie

Un auto-entrepreneur dans le marketing a des problématiques administratives, comptables et opérationnelles très différentes d’un médecin qui exerce en profession libérale, d’un artisan du bâtiment ou encore d’une PME de plusieurs dizaines de salariés. En outre, derrière le terme générique « logiciel comptable » se cachent souvent plusieurs natures d’offres avec parfois un accès à des fonctionnalités supplémentaires non directement liées à la comptabilité (comme l’accès à un CRM par exemple).

✅ C’est pourquoi, j’ai sélectionné la meilleure offre pour chaque profil d’entreprise (auto-entrepreneurs, artisans, professions libérales, TPE, PME etc.) et chaque catégorie de besoin (avec ou sans CRM).

Par ailleurs, pour vous aider à faire le bon choix, je mets en avant :

• Deux solutions maximum pour chaque besoin (la solution que Finance-Héros aurait choisie pour elle-même si elle avait été dans votre situation). Par exemple, Finance-Héros a choisi le logiciel Pennylane car la société est une TPE sans besoin de CRM.
• Des logiciels français (avec des serveurs localisés en France), éprouvés par de nombreux utilisateurs déjà abonnés (plusieurs dizaines de milliers d’utilisateurs) et qui vous permettront d’être 100% conforme à la réglementation actuelle et à venir.
• Des logiciels qui offrent les meilleurs rapports qualité prix du marché.

➡️ En choisissant l’un de ces logiciels, vous ne pouvez pas vous tromper. En outre, l’ensemble de ces outils propose une période d’essai gratuite et sans engagement (donc il n’y a aucun risque à les essayer).

Meilleurs logiciels de comptabilité : lequel choisir ?

Les meilleurs logiciels de comptabilité en synthèse

Notre sélection en détail

Indy, le logiciel de compta pour indépendants

Si vous êtes un indépendant et que vous cherchez un logiciel gratuit, Indy répondra parfaitement à vos besoins. Aussi incroyable que cela puisse paraître, Indy a décidé, en 2022, d’offrir toute la partie comptable de son logiciel. Ainsi, avec Indy vous pouvez facturer et tenir votre comptabilité 100% gratuitement et sans engagement. Disons-le franchement, Indy propose une offre gratuite de très grande qualité.

Par ailleurs, si vous êtes un indépendant en société ou que vous exercez en profession libérale et que vous souhaitez être accompagné dans la déclaration et la télétransmission de vos documents fiscaux et légaux périodiques (liasse fiscale, déclarations de TVA etc…), Indy propose des conditions tarifaires bien plus intéressantes que celles d’experts-comptables (qui vous coûteront jusqu’à 5 fois plus cher). C’est d’ailleurs avec cette offre « d’aide à la déclaration » qu’Indy gagne sa vie et peut se permettre de vous offrir la tenue de votre comptabilité.

✅ Indy est 100% adapté :

• Aux indépendants qui veulent tenir leur compta gratuitement (les TPE peuvent aussi s’en servir d’ailleurs).
• Aux indépendants en société à l’IS et les professions libérales qui veulent être aidées dans leurs déclarations périodiques (sans l’intervention d’un expert-comptable qui, rappelons-le, n’est jamais obligatoire).

➡️ Avec un service client ultra efficace de plus de 100 personnes basées en France et un service de très haut vol, Indy met la barre très haut.

Et depuis 2024, il est désormais possible d’avoir également un compte bancaire professionnel Indy. Là encore, Indy frappe fort puisqu’il propose la banque pro gratuite la plus complète du marché (ex. carte Mastercard physique incluse, et virements SEPA illimités).

Pennylane, le logiciel de compta pour TPE et PME

Il est facile pour moi de vanter les mérites de Pennylane car Finance-Héros en est client ! Et je dois dire que c’est un sans-faute ! Explications ⤵️.

Pennylane est un éditeur de logiciel français, originaire de Normandie. Fondé en 2020 par six amis entrepreneurs, Pennylane a déjà réussi à convaincre 50 000 entreprises de s’abonner. Ceci est loin d’être un hasard car le logiciel propose un service complet et ultra-efficace.

Pennylane s’adresse d’abord au TPE et PME (plus récemment aux indépendants et associations). Le logiciel permet de centraliser au même endroit vos ventes et vos achats. Si vous avez un expert-comptable, vous dialoguerez avec lui depuis votre espace auquel il aura accès pour tenir la comptabilité de votre entreprise. Toutes les fonctionnalités, les outils et les services attendus d’un bon logiciel sont disponibles sur Pennylane et faciles à utiliser. Par ailleurs, le logiciel est à la pointe de la technologie et propose sans cesse des fonctionnalités additionnelles qui facilitent la vie.

En outre, les prix sont abordables au regard de la qualité du service rendu). Par ailleurs, l’abonnement est sans engagement et résiliable à tout moment.

✅ Après une bonne étude de marché, mon entreprise Finance-Héros a choisi Pennylane pour facturer ses propres clients et tenir sa comptabilité. Si vous êtes une TPE ou une PME et que vous recherchez un logiciel pour tenir votre comptabilité, nous sommes bien placés pour vous dire d’y aller les yeux fermés. Et si vous cherchez également un expert comptable (qui travaille sur Pennylane), je vous recommande Keobiz (voir mon avis sur Keobiz ici).

➡️ En plus, 15 jours d’essai vous permettront de tester l’ensemble des fonctionnalités (sans engagement).

Axonaut, le logiciel de compta pour TPE (avec un CRM en plus)

Fondé en 2017 par deux ingénieurs toulousains, Axonaut est un outil de gestion comptable et commerciale à destination des TPE de 1 et 10 salariés. Au-delà des outils comptables courants, Axonaut propose également de multiples fonctionnalités qui facilitent la gestion de vos prospects et de vos clients.

L’outil est particulièrement adapté aux TPE qui cherchent un excellent rapport qualité-prix pour un outil clés en main et efficace. L’offre unique (70€+15€ par utilisateur additionnel) vous donnera accès à l’ensemble des fonctionnalités attendues d’un logiciel de pré-comptabilité et d’un CRM : CRM, gestion des devis et factures, pilotage de l’activité, marketing, gestion de projets, ressources humaines, gestion des stocks et ticketing. Tout est compris.

➡️ Si vous êtes une TPE avec un besoin de CRM, testez Axonaut car il répondra a l’essentiel de vos besoins (15 jours d’essai gratuit).

Obat, le logiciel conçu par des artisans pour des artisans

Quand on sait que 80% des pros du bâtiment chiffrent leurs chantiers et facturent leurs clients via des tableurs Excel, je me dis que mon travail à un vrai sens. Quel que soit votre métier dans le bâtiment (peintre, électricien, masson etc.), Obat est là pour vous faire gagner un temps précieux. Surtout à vous qui n’en n’avez pas.

En synthèse, Obat vous permet :

• De créer des devis en un temps record (grâce à vos bibliothèques personnelles ou à des bibliothèques externes comme Batichiffrage). Vous pouvez ensuite les expédier par e-mail directement depuis le logiciel pour le faire signer électroniquement.
• De convertir vos devis en factures d’acomptes, factures de situation ou factures finales en quelques clics.

✅ Avec Obat, vos documents sont personnalisés, propres et surtout conformes à la réglementation en vigueur.

➡️ Pour 25€HT/mois, Obat vous fera gagner des dizaines d’un travail laborieux et rébarbatif. Pour un artisan, avoir Obat c’est comme avoir un téléphone mobile : c’est indispensable (et en plus je vous ai négocié une remise). Notez que le logiciel est aussi disponible sur application mobile.

Le tableau comparatif des meilleurs logiciels de facturation & comptabilité

Les logiciels que nous comparons font partie des meilleurs du marché. Ils proposent, tous, les fonctionnalités de base attendues d’un logiciel de facturation. Certains, comme Axonaut ou Sellsy, proposent en plus un CRM et des fonctionnalités complémentaires (d’où un prix plus élevé).

	Indép.	TPE	PME	Artisans	Version gratuite	Prix d’entrée (HT/mois)	Devis & factures	Pré-compta.	CRM	Note Google	Site
Indy	✅	❌	❌	❌	Oui	0€	✅	✅	❌	4,8/5	⭐ici
Pennylane	❌	✅	✅	❌	Non	14€	✅	✅	❌	4,6/5	⭐ici
Axonaut	❌	✅	❌	❌	Non	50€	✅	✅	✅	4,4/5	⭐ici
Obat	❌	❌	❌	✅	Non	25€	✅	❌	❌	4,9/5	⭐ici

Qu’est-ce qu’un logiciel de facturation ? 

Un logiciel de facturation est un outil informatique qui facilite la gestion administrative de vos ventes. Autrement dit, un logiciel de facturation permet de générer des devis et des factures conformes à la législation et d’en assurer un suivi efficace. Aujourd’hui, la majorité des logiciels de facturation propose une gamme de services complémentaires : émission et envoi de devis personnalisables, création d’un annuaire de clients, relance des factures impayées, gestion de la Taxe sur la Valeur Ajoutée ou encore tableaux de reporting.

⚠️ Attention aux abus de langage : les logiciels de facturation, pré-comptabilité et comptabilité sont des outils différents. A proprement parler :

• un logiciel de facturation est un outil qui permet d’émettre des devis et des factures.
• un logiciel de précomptabilité est un outil qui facilite la tenue de sa comptabilité via l’export de journaux par exemple. Les logiciels de précomptabilité proposent très souvent un module de facturation.
• un logiciel de comptabilité est un outil qui permet de tenir la comptabilité de son entreprise de manière autonome : configuration d’un plan comptable adapté, tenue des journaux de paye, de vente ou d’achat, suivi des immobilisations et de leur amortissement, suivi des stocks, suivi des balances auxiliaires ou établissement de la liasse fiscale. C’est le cas de Pennylane par exemple qui permet aux experts-comptables de « produire » la comptabilité de leurs clients.

Dis simplement, un logiciel de facturation vous aide à facturer vos clients alors qu’un logiciel de comptabilité vous aide à tenir votre comptabilité dans sa globalité. La majorité des logiciels de comptabilité propose un module de facturation. C’est pourquoi, vous retrouverez souvent les mêmes acteurs pour ces deux services différents.

Comment choisir son logiciel de facturation ?

Pour choisir son logiciel de facturation, rien de plus simple. À condition de procéder par étapes et de les suivre dans le bon ordre.

Étape 1 : Comprendre l’organisation comptable de votre entreprise

Le préalable avant toute recherche de logiciel est de bien identifier votre besoin. Or, votre besoin est directement lié à votre organisation comptable. Trois cas de figure se présentent.

Cas 1 : Vous avez un expert-comptable. Si tel est le cas, vous devez vous rapprocher de lui pour comprendre son organisation. Il vous donnera des informations précieuses sur son fonctionnement et sa capacité à se connecter aux différents logiciels du marché. Ayez conscience qu’un logiciel de facturation fait généralement gagner du temps à votre expert (notamment du temps de saisie d’écritures). C’est pourquoi il devrait être en mesure de diminuer ses frais.

Cas 2 : Vous n’avez pas d’expert-comptable (car vous n’en n’avez pas besoin). Si vous êtes une microentreprise ou une profession libérale et que vous bénéficiez du régime de la comptabilité simplifié par exemple, alors vous êtes autonome et vous ne dépendez de personne. Vous pouvez d’ores et déjà suivre les étapes suivantes. Par ailleurs, nous avons rédigé un article dédié rien que pour vous : les 2 meilleurs logiciels de facturation pour auto-entrepreneur.

Cas 3 : Vous n’avez pas d’expert-comptable (car vous lancez votre activité). Si vous lancez votre activité, c’est le moment de réfléchir à votre organisation comptable. Comment souhaitez-vous procéder ? Préférez-vous choisir votre expert-comptable d’abord puis choisir votre logiciel de facturation ensuite ? Ou l’inverse ? Sachez que la plupart des logiciels de facturation sont exploitables par les experts-comptables. Quel que soit votre mode opératoire, nous vous conseillons de tester, en amont, les logiciels les plus adaptés à votre profil. La majorité des logiciels vous propose une période de test gratuite et sans engagement. En outre, cela vous permettra de vous faire une idée de l’offre existante et d’affiner votre connaissance du marché.

Étape 2 : Identifier les logiciels qui s’adressent spécifiquement à votre profil d’entreprise 

Les logiciels de facturation ont souvent un marché de prédilection. Certains s’adressent d’abord aux microentreprises et indépendants quand d’autres s’adressent davantage aux TPE ou PME. Par ailleurs, certains sont généralistes quand d’autres s’adressent à des secteurs en particulier (comme les professionnels du bâtiment). Veillez à être le cœur de cible de votre logiciel car cela vous garantira un niveau de service à la hauteur de vos attentes.

Étape 3 : Valider la disponibilité des fonctionnalités dont vous avez besoin

Les fonctionnalités de base sont présentes dans la majorité des logiciels de facturation. Néanmoins, certaines fonctionnalités spécifiques ne sont pas disponibles dans l’ensemble des offres. Si vous souhaitez suivre vos stocks, émettre des factures récurrentes ou pouvoir consulter votre logiciel sur votre smartphone, vérifiez que les fonctionnalités existent bien.

Étape 4 : Valider l’ergonomie du logiciel

Assurez-vous que le logiciel de facturation que vous utilisez est simple, intuitif et agréable à utiliser. Vous y passerez potentiellement du temps et il est donc important que vous soyez à l’aise avec son utilisation.

Les pièges à éviter

Pour choisir le logiciel de facturation adapté à votre besoin, un certain nombre de pièges sont à éviter. Quoi qu’il en soit, ayez conscience qu’il est possible de changer de logiciel à tout moment.

Ne pas prendre le temps de tester

Une erreur serait de ne pas tester sérieusement les deux ou trois logiciels que vous avez identifiés. L’ensemble des logiciels proposent une période de test gratuite et sans engagement. Il serait dommage de ne pas en profiter. N’oubliez pas de tester le service support généralement disponible en chat depuis l’interface. Testez leur réactivité et leur capacité à répondre efficacement à vos questions.

Se focaliser sur le prix

Le prix ne doit pas être un critère dominant dans le choix de votre outil (sauf si vous avez un nombre limité de factures à émettre et donc peu d’exigences). Un bon logiciel de facturation vous fera gagner un temps précieux et diminuera la note de votre expert-comptable (si vous en avez un). Si votre logiciel est adapté à votre besoin, vous vous y retrouverez largement. En revanche, si deux logiciels vous paraissent équivalents en termes de services proposés, alors préférez le moins onéreux.

Ne pas anticiper sa croissance

Si vous êtes une TPE avec de fortes ambitions, n’hésitez pas à choisir un logiciel déjà calibré pour vous accompagner dans votre croissance. Il serait dommage, pour quelques économies, d’avoir à vous réadapter à un nouvel outil et passer de nouveau du temps à choisir un outil adéquat.

La réforme de la facturation électronique

Qu’est-ce qu’une facture électronique ?

Une facture est un document qui certifie la vente ou l’achat d’un bien ou d’une prestation de service. La facture, qui a une utilité commerciale, fiscale et comptable, peut-être émise en format papier ou en format dématérialisé.

La réforme, au-delà d’imposer progressivement la facture électronique, lui donne une nouvelle signification. En effet, la nouvelle facture électronique devient un document qui respecte plusieurs critères.

La facture doit avoir un format électronique standardisé.

Les formats acceptés seront les formats UBL, CII et factur-X. Ces formats encodent les données de la facture avec une représentation structurée, normée et hiérarchisée. À noter que le format factur-X a le gros avantage d’associer un document PDF (lisible par les hommes) à un document XML (lisible par les machines). C’est pourquoi le format Factur-X a tendance à se démocratiser au sein des éditeurs de logiciels de facturation.

La facture doit être transmise au tiers par l’intermédiaire d’une plateforme dédiée.

La facture ne devra plus être envoyée directement à son client professionnel ou reçue directement de son fournisseur professionnel. En effet, elle devra transiter par le portail public de facturation (Chorus Pro) directement ou via une plateforme de dématérialisation privée (PDP) immatriculée par l’administration fiscale.

La facture doit comporter plusieurs mentions obligatoires.

En plus des mentions obligatoires historiques, la nouvelle facture électronique devra comporter quatre nouvelles mentions obligatoires : le numéro SIREN de votre client (ou son numéro intracommunautaire), la catégorie de l’opération (livraison de biens ou prestation de service), l’adresse de livraison et l’option pour le paiement de la taxe d’après les débits (le cas échéant).

➡️ Ainsi, les factures électroniques telles qu’entendues aujourd’hui, ne seront plus considérées comme conformes à la réglementation. Exit donc les factures papiers scannées ou les factures émises en format PDF depuis un logiciel de facturation ou depuis un Excel ou un Word. Ces factures-là sont toujours des documents « dématérialisés” mais n’ont plus le statut de facture électronique acceptée par l’administration.

Qui est concerné par la réforme ?

L’ensemble des entreprises assujetties à la TVA, dans leurs échanges avec d’autres assujetties à la TVA et dont le siège social est situé en France, sont concernées par la réforme. Autrement dit, l’ensemble des personnes physiques ou morales qui exerce une activité économique habituelle (y compris les entreprises assujetties à la TVA qui bénéficient d’une franchise de base).

Pourquoi la réforme ?

À travers cette réforme, l’administration a quatre objectifs principaux :

• Lutter contre la fraude fiscale, notamment la fraude à la Taxe sur la Valeur Ajoutée ;
• Dynamiser les entreprises en diminuant leur temps alloué à la facturation (moins de paperasse et plus d’automatisation) ;
• Fluidifier les déclarations de TVA grâce aux outils d’automatisation prévus ;
• Donner plus de visibilité à l’administration sur le niveau d’activité des entreprises françaises.

Le calendrier de la réforme

À partir du 1er septembre 2026, l’ensemble des entreprises devra être en mesure de recevoir les factures des grandes entreprises en format électronique. Il peut s’agir de votre fournisseur d’électricité ou de votre opérateur téléphonique par exemple. En revanche, l’émission deviendra progressivement obligatoire à une date qui dépend de la taille de votre entreprise.

Dans les faits, comment cela va t-il se dérouler ?

Les entreprises auront deux possibilités pour déposer ou réceptionner leurs factures électroniques.

La première possibilité consiste à passer directement par le Portail Public de Facturation (PPF) qui fera le lien avec la Direction Générale des Finances Publiques (DGFIP). Le PPF a un nom : Chorus Pro. Il s’agira alors pour les entreprises d’émettre les factures éligibles via le portail ou de les déposer manuellement. Ce travail pourra s’avérer chronophage, surtout si le volume de transaction de votre entreprise est important.

La seconde possibilité consiste à passer par un Portail de Dématerialisation Partenaire (PDP) qui aura pour obligation d’être immatriculé auprès de l’administration fiscale. La PDP se chargera alors de transmettre l’information au PPF lui-même en lien avec la DGFIP. La majorité des PDP seront les éditeurs de logiciels de facturation qui auront obtenu l’agrément et qui se chargeront de cette tâche pour vous.

➡️ Pour le dire simplement : soit vous émettrez et réceptionnerez vos factures via Chorus Pro directement, soit votre logiciel de facturation immatriculé s’en chargera. La deuxième option vous fera gagner beaucoup de temps.

Questions fréquentes